Die Wehratalbahn von Schopfheim nach Säckingen wurde gleich wie die "Sauschwänzlebahn" Weizen - Blumberg - Hintschingen aus militärischen Gründen gebaut. Die drei Linien (hinzu kommt noch ein kurzer Abschnitt zwischen Weil und Lörrach) ergeben genaugenommen erst zusammen einen Sinn. Wie im Wutachtal wurde auch hier ein Landstrich mit einer Bahn versehen, der wohl - wenn überhaupt - erst später einen Anschluss ans Bahnnetz gefunden hätte. Wie die anderen beiden Abschnitte der Strategischen Bahn in Baden war die eingleisige Wehratalbahn durchgängig für den Einbau des zweiten Gleises vorbereitet (Unterbau ohne Brückenträger), was an der doppelten Breite von Dämmen, Einschnitten, Brückenwiderlagern und Tunnel ersichtlich ist. Die Strecke durchs Wehratal war noch vor dem ersten Weltkrieg zu Versuchszwecken elektrifiziert worden, wie auch die sich anschliessende, einst von privaten Unternehmern gebaute Wiesentalbahn. Diese verkehrsmässig unbedeutende Strecke war also eine der ersten mit elektrischem Betrieb in Deutschland. 
Auf der Wehratalbahn verkehrten neben den badischen Prototyp-Elektrolokomotiven aus der Anfangszeit während langer Zeit die Baureihe E 71 sowie E 32. Dampf- und Diesellok kamen nur in Ausnahmefällen auf die Strecke. Eine Besonderheit stellt die Beförderung des Zellenwagens bis Mitte der sechziger Jahre dar, welcher in normale Reisezüge eingestellt wurde und so nicht über Schweizer Gebiet geführt werden musste. Obwohl die Bahn elektrifiziert war, bewahrte sie diese Tatsache nicht vor der Stillegung, die wie bei der Wutachtalbahn  „stückweise“ vonstatten ging. In den letzten Jahren vor der Einstellung des Personenverkehrs im Jahr 1971 verkehrte hier der ET85, Triebwagen, welche bereits damals ziemlich altertümlich wirkten. Zuletzt stellte man den Güterverkehr zwischen Säckingen und Wehr 1990 ein. Ende der achtziger Jahre ist der Fahrnauer Tunnel noch für verschiedene bahninterne Versuche genutzt worden. Anfang der neunziger Jahre bildete sich ein Komitee, das die Einführung eines Museumsbahnbetriebes forderte, was bis heute jedoch nicht gelang. In den neunziger Jahren sind schliesslich an einigen Stellen die Schienen sowie einige kleinere Brücken abgebaut worden, die Strecke ist damit nicht mehr durchgängig. Schon 1977 hatten Anliegergemeinden gefordert, die Strecke im Rahmen eines S-Bahn Ringverkehrs Basel - Schopfheim - Säckingen - Basel (Wiesental-/Wehratal-/Hochrheinstrecke) zu reaktivieren, wobei zusätzliche Haltestellen das Angebot attraktiver hätten machen sollen. Dazu ist es bis heute nicht gekommen, vielleicht war der Vorschlag seiner Zeit (zu) weit voraus.

Die kurze Verbindung Weil (früher Leopoldshöhe) - Lörrach ist der einzige Abschnitt der Strategischen Bahnen in Südbaden, der noch heute planmässig befahren wird (hinzu kommt noch die untere Donautalbahn auf ehemals württembergischem Gebiet): Auch die DB AG kann auf die Abkürzung vom Rhein- ins Wiesental unter Umfahrung Basels nicht verzichten. 1996 wurde deswegen sogar der Tüllinger Tunnel renoviert.

Bei einem Augenschein am früheren Bahnhof Wehr (Baden), an der Wehrabrücke, dem ehemaligen Bahnhof Hasel und dem südlichen Portal des Fahrnauer Tunnels im Januar 1999 zeigte sich der allgemein schlechte Zustand der Bahnstrecke. Die Wehrabrücke befindet sich in einem desolaten, baufälligen Zustand und darf nicht mehr befahren werden. (Inzwischen fehlen auch die Gleise). Die Gleise sind an vielen Orten völlig zugewachsen, manchmal haben ganze Bäume den Weg durch Schotter und Schwellen gefunden. Das ehemalige Bahnhofsgebäude von Hasel, direkt am südlichen Portal des einstmals drittlängsten Tunnels Deutschlands gelegen, ist im Vergleich zu anderen Hochbauten dieser Strecke in einem recht guten äusserlichen Zustand und beherbergt heute eine Art Jugendverein. Von den abgebauten Fahrleitungsanlagen waren keine Fundamente mehr zu finden. Einzig ein „vergessenes“ Warn-Schild am Güterschuppenanbau des Bf Hasel erinnert noch an die einst verstromte Strecke. Auch der Fahrnauer Tunnel befindet sich in einem baufälligen Zustand, die Tunnelröhre  ist feucht und nass. Teilweise ist die Ausmauerung zerstört.

Vom Fahrzeugpark blieb eine hier eingesetzte badische Uralt-Elektrolok bis in die sechziger Jahre in Berlin erhalten, daneben zwei Vertreter der einst fürs Wehratal typischen Baureihe E 71 ein Exemplar der ebenfalls hier eingesetzten Reihe E 32 im Museumslokpark der DB AG sowie ein Triebzug der Baureihe ET85.

Alles über die Geschichte der Wehratalbahn gibt es hier!

Weiterführende Literatur:

• Gerber, Rainer. Die Wehratalbahn, strategische Umgehungsbahn im Süd-Schwarzwald. WdE 1977
• Kuntzemüller, Albert. Die badischen Eisenbahnen. Umgearbeitete und bis auf die Gegenwart fortgeführte Auflage.Verlag G. Braun, Karlsruhe. 1953
• Mihailescu Peter-Michael, Michalke Matthias. Vergessene Bahnen in Baden-Württemberg. Verlag Theiss, Stuttgart. 1985 
• Scharf, Hans Wolfgang. Die Eisenbahn am Hochrhein, Band 3: Die Strategischen Bahnen in Südbaden. Reihe Südwestdeutsche Eisenbahngeschichte. Eisenbahn-Kurier Verlag, Freiburg. 1993/95.
• Sieg, Uwe. Eisenbahnen am Hochrhein und an der oberen Donau - militärisch-politische Intentionen und Eisenbahnbau im deutschen Südwesten 1850 - 1914. 1996