Begonnen hatte es im Jahre 1905 ganz hoffnungsfroh, endlich nach über vierzigjährigen Bemühungen hatten auch Teile des schaffhausischen Hinterlandes Anschluss ans Schienennetz gefunden. Neben dem Personenverkehr mit vierachsigen Triebwagen wurde ein bescheidener Güterverkehr abgewickelt. Von anfang an achtete man auf eine sparsame Betriebsabwicklung, indem mancherorts auf die Erstellung von Bahnhofsgebäuden verzichtet wurde - stattdessen konnte man die Fahrkarten im Gasthaus kaufen. Die StSS war zu jeder Zeit ihres Bestehens finanziell ziemlich schwachbrüstig. Die Schienen wurden nicht auf eigenem Trasse, sondern auf der Strasse selbst verlegt, was viele Jahre später eine erhebliche Behinderung des Strassenverkehrs darstellen sollte. Der Auslastungsgrad war die meiste Zeit alles andere als gut - schon im Jahr 1934 untersuchte der Regierungsrat deshalb einen Ersatzbetrieb mit Autobussen, was schliesslich nach dreissig Jahren Wirklichkeit werden sollte. 

Im Jahr 1964 war es dann soweit: Nachdem sich eine Mehrheit der Stimmbürger des Kantons Schaffhausen im April 1961 in einer Urnenabstimmung für die Aufhebung des Bahnbetriebes und Ersatzbetrieb durch Autobusse entschieden hatte, war die Zeit am klapprigen, ratternden Bähnchen aus den Pioniertagen der elektrischen Eisenbahn endgültig vorübergegangen: Starkes Wirtschaftswachstum führte auch hier zu jährlich zunehmendem Individualverkehr; und den modernen Autos hatte die StSS in den fünfziger Jahren nichts entgegenzusetzen: Die auf den historischen Aufnahmen abgebildeten Fahrzeuge schienen bereits den Zeitgenossen veraltet. Die neuen Busse waren kostengünstiger im Betrieb (wie durch ein Gutachten bereits 1955 aufgezeigt wurde), flexibler einsetzbar und boten erheblich mehr Komfort. Am 1. Oktober 1964 fuhren die letzten blumengeschmückten Abschiedszüge, bereits begleitet von den Autobussen der ASS (Autbusbetrieb Schaffhausen - Schleitheim, eine Art Nachfolgeorganisation der StSS). Nur wenige Tage später begann man mit dem Abbruch der Bahn (vollständiger Abbau des Schienenkörpers, sowie der Verschrottung der meisten Fahrzeuge). Manche Personenwagen aus der Anfangszeit wurden dabei auf offener Strecke verbrannt.

Von den eingesetzten Fahrzeugen der StSS blieb kein Exemplar der Nachwelt erhalten, obwohl einige Triebfahrzeuge noch für kurze Zeit zu anderen Strassenbahnen kamen; an ein Denkmal mochte zu dieser Zeit sowieso niemand denken. 

Einzig ein Strassenbahn-Anhängerwagen (der zeitgleich eingestellten Strassenbahn Schaffhausen) ist im Tram Museum in Zürich erhalten geblieben.

Der aufmerksame Bus- oder Autopassagier kann auch vierzig Jahre nach Betriebseinstellung einige Relikte erkennen, die ihn noch heute an die Bahn erinnern, so z.B. auf der Siblinger Höhe das ehemalige, einsam gelegene "Stationsgebäude", das eigentlich nur aus einem kleinen Holzverschlag bestand, oder das ehemalige Bahnbetriebswerk in Beringen, heute werden dort die Busse unterhalten. 

Während man mit der Einstellung und Abbau von Normalspur-Nebenbahnen in der Schweiz traditionell eher zurückhaltend war, wurden neben der Schleitheimer Bahn auch an anderen Orten in der Schweiz ähnliche Strecken (Überlandstrassenbahnen) aufgegeben, beispielsweise die Maggiatalbahn. Mancherorts aber entschied man sich auch für den Weiterbetrieb und Modernisierung (als Beispiele für heute noch in Betrieb stehende Überlandstrassenbahnen mit Anschluss der Kantonshauptstadt zum Hinterland seien genannt (Nordostschweiz): Zürich - Esslingen; St. Gallen - Trogen; Frauenfeld - Wil. Vgl. hierzu: Fragen zur regionalen Verkehrspolitik: Schiene oder Strasse?
 

Weiterführende Literatur:

• Brandi, Friedrich. Ersetzbarkeit der Strassenbahn Schaffhausen-Schleitheim durch einen Autobetrieb. Gutachten. März 1955
• Inäbit, Florian. Elektrische Strassenbahn Schaffhausen-Schleitheim. Verlag Prellbock, Leissingen. 2000